Propiciar políticas públicas, normativas y acciones que fortalezcan la transparencia en la gestión del Estado, asesorar al Poder Judicial y a la Administración en la lucha contra la corrupción, recibir y custodiar las declaraciones juradas patrimoniales de los funcionarios públicos obligados legalmente a su presentación, difundir los principios de la ética pública y la normativa anticorrupción y atender los compromisos internacionales asumidos por el país en las convenciones y convenios vinculados a la materia.

Ser el órgano autónomo de control encargado de identificar los riesgos de corrupción a nivel del estado y desarrollar actividades orientadas a prevenir la implantación o extensión de ese fenómeno en la administración pública nacional. Actuar como perito auxiliar, a solicitud de la justicia penal, en los delitos contra la economía o la hacienda pública y desempeñarse como organismo asesor de la administración en lo que se refiere a las normas de conducta del funcionario público. Participar activamente en los ámbitos generados por las convenciones y convenios internacionales contra la corrupción suscritos por el país.

1. Asesorar a la Justicia Penal y a la Administración Pública cuando la Justicia o el Ministerio Público lo disponga.

2. Recibir, registrar y custodiar las declaraciones juradas de bienes e ingresos según lo dispuesto en los artículos 10 y 11 de la Ley Nº 17.060 de 23 de diciembre de 1998.

3. Asesorar a los Organismos Estatales sobre Normas de Conducta en la Función Pública establecidas en el Decreto 30/003 de 23 de enero de 2003.

4. Verificar las publicaciones de las Compras Estatales.

5. Promover la transparencia en la gestión de la función pública.

6. Asistir en materia internacional de acuerdo a los Tratados y Convenios suscritos y ratificados. 

1. Asesoramiento a la Justicia Penal y al Ministerio Público en los delitos contra la Administración y la Hacienda Pública.
2. Asesoramiento a los organismos públicos en la aplicación de las "Normas de conducta en la Administración Pública".
3. Gestión y contralor del Registro de Declaraciones Juradas de Bienes e Ingresos.
4. Verificación de la publicidad que deben realizar los organismos públicos de las compras que realizan.
5. Promoción de la normativa, programas y actividades de capacitación y difusión que fortalezcan la transparencia en la gestión pública.
6. Atención de los compromisos internacionales asumidos por el país en las Convenciones y Convenios vinculados a la materia.
7. Asesoramiento especializado a la Asamblea General o a las Juntas Departamentales en observaciones elevadas por el Tribunal de Cuentas con el carácter de "urgente consideración".

Actualmente los cometidos de la JUTEP son cumplidos por las siguientes unidades funcionales:

• Junta directiva
• Secretaría general
• Asesoría financiero contable
• Asesoría jurídica
• Secretaría Administrativa
• Registro de declaraciones juradas
• Administración y finanzas
• Custodia y archivo de declaraciones juradas
• Informática
• Capacitación
• Servicios generales